Исследователи смогли расшифровать ДНК на обычном компьютере

Ученые увеличили скорость расшифровки ДНК в сотни раз

Обычные алгоритмы расшифровки ДНК опираются на идею, что большое количество копий нити ДНК можно разбить на множество легко считываемых мелких фрагментов, которые при этом частично пересекаются друг с другом. Но в таком случае для расшифровки надо много вычислительных ресурсов.

Авторы новой работы решили переделать алгоритм, чтобы он не требовал таких высоких мощностей при вычислении. Они создали математическую теорию, с помощью которой геном можно закодировать в виде набора из часто встречающихся последовательностей из нескольких букв-нуклеотидов, а не одиночных звеньев.

С помощью нового подхода можно сделать процесс расшифровки быстрее и склеить частично совпадающие фрагменты ДНК. В результате авторы использовали меньше компьютерной памяти для аналогичных вычислений.

Наш подход работает, даже если в исходном материале содержится до 4% ошибок. Вкупе с удешевлением машин для секвенирования это открывает дорогу для демократизации генетического анализа. (Бонни Бергер, профессор Массачусетского технологического института и один из авторов исследования.)

Во время эксперимента авторы попробовали расшифровать ДНК человека. Процесс сборки человеческого генома занял всего 10 минут и потребовал около 10 гигабайтов оперативной памяти,

Источник